1. 成本
考虑降低成本的情况,水解探针和蝎形探针是很好的选择。与目前市面上所有的荧光探针相比,水解探针是目前市场上可靠,而且便宜的一种,如TaqMan和MGB探针。蝎形探针由于引物的发卡结构,不需要开发和购买单独的探头,成为一个方便且具成本效益的选择。
2. 时间
考虑时间的情况,蝎形探针是首选解决方案。不仅引物和探针存在于一个发卡结构分子上,而且可以在快速循环条件下工作。水解探针也是理想的,因为它们非常可靠,问题发生频次最低。这些往往被广泛用于高通量扩增分析。
3. 特异性
如果目标序列很少,可以考虑分子信标探针和双杂交探针。当结合到目标时,分子信标探针发射的荧光量通常比在自由溶液中释放的光量大100倍。双杂交探针有两个探针与扩增产物杂交,可以有更高的特异性。